万历十二年（1584年，御史张文熙上疏，历数之前阁臣专恣自断的四种表现：各部各院都设《考成簿》，记录官吏功过，送内阁考察升降；吏部、兵部挂选官员，都得经内阁认同；督抚巡按办事，无不密谒内阁大臣请教；内阁首辅奉诏拟旨，独自行事。

申时行急忙上疏论争，对前三条，他认为是内阁的职权范围许可的，内阁中有徇私舞弊的可罢黜，但若因有一二个阁臣徇私舞弊就把内阁的职权削弱，未免因噎废食。对最后一条，他说内阁首辅奉诏拟旨，曾无专断之举，都同内阁其他大臣商议。万历帝觉得申时行讲得有理，遂绌张文熙之议不用。

这一次试探，并未使言官们就此罢休。

紧接着，御史丁此吕上疏揭发礼部侍郎高启愚主持南直隶乡试时，出题《舜亦以命禹》，是想劝进张居正当皇帝。万历帝将他的奏疏批示申时行处理。申时行言：“丁此吕以这种暖昧问题陷人于死罪，臣恐谗言接踵而至，不是清明的朝廷所应有的。“吏部尚书杨巍秉承申时行心意，建议将丁此吕贬出京师，万历帝采纳。

这一下惹怒了众言官，给事中、御史王士性、李植等纷纷上疏弹劾杨巍与申时行，蔽塞言路。万历帝又觉得言官们讲得有理，诏令罢免高启愚，丁此吕留任。

申时行见状，遂与杨巍一同上疏辞官。内阁大臣余有丁、许国上疏反对留任丁此吕，许国是申时行的好友，采取一致行动，也上疏辞官，向万历帝施压。于是，万历帝乃维持原来的判决，贬丁此吕出京。言官们群起攻击许国，申时行奏请按情节轻重惩治众言官。

言官们与阁臣由此愈发对立，有如水火。后来由“寿宫有石”之事，更是掀起了明廷的朝堂d争。

说回正题，申时行虽然支持拉拢宋洲，换得辽东的安定，但他也不敢冒这个险，让言官们找到攻讦自己的口实。