斯时，蒙古国都和林地区发生了大规模的饥荒，做为草原地区，人们所需要粮食、盐、油等日用品须从农耕地区运过来，可粮道被忽必烈军队截断，致使士兵羸弱，萎靡不振。反观忽必烈马强兵壮，双方一交战，胜负立现。

中统五年（1264年，在蒙古首都和林地区，忽必烈带领精兵强将趁其不备将阿里不哥队伍打得落花流水，不到一个月的时间，便将对手征服。阿里不哥走投无路便带着诸王玉龙答失、谋臣不鲁花等人赶到上都和林，向忽必烈悔过自新投诚归顺。就这样，阿里不哥乖乖回到了忽必烈的账下。

忽必烈质问弟弟阿里不哥：“你说咱俩竞争汗位究竟谁合适谁不合适？”

想当初，自己与蒙古众臣在蒙古京都和林召开忽里勒台大会上选上的汗位，如今被四哥忽必烈打败，心犹不甘，却又不得不俯首。阿里不哥想到这里，低下头回答道：“以前是我合适，现在你合适。”

具有雄才大略的忽必烈，赦免了弟弟阿里不哥，对于不鲁花等人，以教唆阿里不哥行恶之罪判处死刑。

内乱平定后，忽必烈命刘秉忠为太保，主管中书省。刘秉忠，字仲晦，原名刘侃，释名子聪，号藏春散人。河朔地区邢州（治今邢台人，他生于金宣宗贞佑四年(1216年)，世代为辽朝官宦大族。那时，战争频仍，黎民百姓大量逃亡，生产凋敝，社会制度极度混乱。他曾祖父曾任金朝的邢州节度使，父亲刘润在大蒙古国太师国王木华黎攻取邢州后投靠其麾下为官。他是著名学者，精于天文、地理、字画、法历、诗文，著名科学家郭守敬是他的学生。

刘秉忠自幼聪颖，八岁入学就能日诵文数百言。十三岁在帅府做人质，十七岁为邢台节度使府令史，以便于就近奉养其亲。刘秉忠为令史时常郁郁不乐，一日感叹道:"我家世代为官，难道我宁愿沦为书记小吏吗?大丈夫生不逢时，只有隐退以待时而起。"便弃官隐居于武安山中。若干年后，他被天宁寺的虚照禅师收为徒弟。后又云游云中，留居南堂寺。

1242年，北方禅宗临济宗领袖海云奉蒙古宗王忽必烈之诏前往和林。路过云中时，海云听闻刘秉忠博学多才，遂邀他同行。刘秉忠拜见忽必烈后，讲述佛法大意，忽必烈甚为称赞，多次垂询。刘秉忠于书无所不读，尤其深入研究《易经》及宋邵雍《经世书》，至于天文、地理、律历、占卜无不精通，天下事了如指掌。忽必烈对刘秉忠甚是宠爱，海云返回南方后，刘秉忠就留在忽必烈的府邸供职。

贵由汗元年(1249年)，刘秉忠因父亲去世奔丧回家，忽必烈赐金百两为治葬之用，且遣使送至邢州。服丧期满，便召还至和林。第二年，刘秉忠至和林后，上书多达数十万字。可大致分为十四条：

建议忽必烈效仿周公辅周武王事，辅佐蒙哥汗治理天下;选派开国功臣的子孙到京府州县去监督、考核旧官，根据考察结果进行奖惩;按现在的户口确定差税，招揽被压迫出逃的流民。规定百官爵禄，对其德行进行奖惩及约束;对天下之民多施教化，不许下级官员随意定罪，死罪须上报听候断决;清查官府所欠债务，若原系正当借贷一本一利由官府归还，若系非正当借贷，且无借据，以及息大于本者，一概豁免;平民百姓纳公粮以就近输仓原则为准，确定"关市津梁正税"，禁止各处行商坐贾巧取横夺，禁止奢华，规定上下服饰，减轻赋税，差遣劝农官督课农桑;兴办学校，实行科举制，引导开国功臣的子孙入学校，选用有才能者;慎择县官，招抚招抚关西、河南流民，抚恤孤寡残疾者，不许朝廷使臣在地方骚扰官民，应设馆安置;令各地立庙祭祀孔子，访察当地名儒，举行祀典;请蒙哥汗颁行新历，同时着手撰修《金史》;国家拨出一部分经费赡养生活困难的名士学者，免除其中自有产业者的赋税差役，使其为国家尽其才能;广开言路，鼓励直言。明君要君子和小人，使贤者在位，能者在职。将国内人民必须之盐场和矿冶交各路课税所管理，禁止好利之徒依恃官势害民，使商贾与平民互不欺夺;禁止私设牢狱，禁鞭背之刑。要正纪纲，行法度，使天下可不劳而治。注意拔擢廉洁能干的官员。

忽必烈对他的这番议论，甚为赞赏，均加采纳。刘秉忠又建议:"邢州户口原有万余，自兴兵以来都不满数百，若派真定的张耕、洺水的刘肃这样的良吏去治理，必定能恢复旧日盛况。"于是朝廷派张耕为邢州安抚使，刘肃为副使。不久流民复业，升邢州为顺德府。