李世达等人上疏挽救，万历帝却更贬斥赵南星为平民，上疏论救的王汝训、魏允贞、曾乾亨、于孔兼等一大批人受到牵连。孙鑨因此事心灰意冷，辞官归乡。

数名同僚遭受不白之冤，朝臣们自然把这些全算在了王锡爵的头上，认为此事是他一手操纵，因此对他十分愤恨。王锡爵多次上书申辩无效，遂连上八疏辞去了首辅之职，回乡养老。

王锡爵辞官，首辅之位空悬。万历帝命吏部根据品望推选六七位能够胜任首辅之职的官员听候点用。吏部尚书陈有年与吏部文选司郎中顾宪成合拟了七人名单上报，请皇帝亲裁。

不料，陈顾两人提名之人，皆是万历帝所厌恶的，尤其顾宪成提名的前大学士王家屏，更是违背了万历帝的旨意，从而触怒了万历帝。顾宪成由此被削去官籍，革职遣送回家。

顾宪成出生于无锡泾里一个书香门第，革职回到家乡后，顾宪成决定从事讲学活动，同时宣扬他的正治主张。恰好在无锡有一所宋朝学者杨时曾经讲过学的东林书院，他就同弟弟顾允成倡议维修。维修书院的事，得到许多地方志友以至常州知府、无锡知县的资助和支持，最终于万历三十二年（164年修复了这所书院。

东林讲学之际，正值明末涩会矛盾日趋激化之时。东林人士讽议朝正、评论官吏，要求振兴吏治，开放言路，革除朝野积弊，反对权贵贪赃枉法。这些针砭时政的主张得到当时广大读书士子的广泛同情与支持，同时也遭到宦官及其依附势力的激烈反对。两者之间因正见分歧发展演变为明末激烈的谠争局面。反对派将东林书院讲学及与之有关系或支持同情讲学的朝野人士笼统称之为“东林谠”。

正因于此，淸初学者谷应泰才将万历二十一年的京察案作为东林谠争的起始。

说回朝堂，首辅之位不能久缺，吏部的推荐又不能让万历帝满意，选来选去，最后只能让赵志皋二任首辅。