万历二十二年（1594年二月初四，皇长子出阁讲学，但以尚未册立为皇太子为由，侍卫、仪仗一切仪注，从简从略。

皇长子朱常洛这才向太子的目标迈出了艰难一步。

这边，册立之事刚有了一个好的开始，那边，内阁与部臣之间又开始了水火不容。

户部官员赵南星与孙鑨负责考核京官，两人秉公罢黜了一些不合格的官员，这其中既有前首辅赵志皋的弟弟，也有王锡爵的旧属。为避免谠争之嫌，连孙鑨的外甥吏部文选司员外郎吕胤昌、赵南星的姻亲都给事中王三余也一同遭到斥黜。

不过令人万没想到的是，两人的激进手段引发了躲王锡爵身后的一系人马的报复。三月，言官以拾遗弹劾吏部稽勋司员外郎虞淳熙、兵部职方郎中杨于庭、主事袁黄。以上三人皆为京察力推的人选。孙鑨上疏力保虞淳熙和杨于庭，仅同意将袁黄罢免。

刑科给事中刘道隆在内阁授意下，弹劾吏部“曲为解说，仅议一袁黄而止，非体”。

万历帝下旨切责，孙鑨对此自辩：“淳熙，臣乡人，安贫好学。于廷力任西事，尚书石星极言其才。今宁夏方平，臣不敢以功为罪。且既名议覆，不嫌异同。若知其无罪，以谏官一言而去之，自欺欺君，臣谊不忍为也。”

万历帝认为孙鑨等人结谠专权，拒不认错，加上内阁拟职以辩护为名暗指赵南星“是已非人，抑扬太过，致招訾议”，最后导致孙鑨罚俸、赵南星连降三级。