相比陆上李朝军队一路被倭军砍瓜切菜，李朝水师在初步稳住阵脚后，进行的反击打得还是相当不错的。

倭军一方，九鬼嘉隆率领的水军拥有舰船七百余艘，后来因转运兵源与物资的需要，又征召了部分民用商船，使得其舰船数量一度超过千艘。

而李朝一方，庆尚道左右水营拥有近百艘战船（主要是板屋船，占此时李朝下三道（庆尚、全罗、忠清水师战船总数的4%。

左水使朴泓弃官而逃后，右水使元均名义上拥有73艘战船，但这些重型战舰“重且高大，或当浅水值大风，则不可以人力进退斡旋”。桨手数量在李朝水师中占船上人员总数的一半以上，由于倭军进攻突然，桨手难以召齐，战船一时动弹不得，元均只得下令自沉船只，李朝水师一下便损失了近一半战舰。

战舰凿沉后，元均随即解散了水师，带领玉浦万户李云龙（确实是这个名字、所非浦权管李英男、永登万户禹致绩所部精锐，以及板屋船4艘，退往昆阳一带（后世泗川，以躲避倭军锋芒。

登陆期间，倭军船只在海上不受任何阻扰。加藤清正登陆后，倭军船团倾巢而动，只剩火种的庆尚道水师更加无法与之抗衡。

元均逃到昆阳，在玉浦万户李云龙、所非浦权管李英男的建议下，向全罗道水师左水使李舜臣求援，但李舜臣起初以朝廷规定了各自的防御区域，没有上级命令不得越境，以及倭国水军马上要进攻全罗左道，当地船舶不足——全罗左水营战船只有24艘，没有余力帮助别处为由，拒绝了元均的请求。