万历帝朱翊钧的皇后王氏、昭妃刘氏自万历六年（1578年册封后，都无子嗣。

万历九年（1581年，有一日，朱翊钧去朝见母后，遇上了宫女王氏，一时冲动，临幸了她。后来王氏有孕，朱翊钧忌讳这件事情而不敢承认，但此事在内起居注中有记载，并且有当时赏赐给王氏的实物为证，再加上李太后盼孙心切，朱翊钧最后被迫承认是自己一时冲动。

万历十年，朱翊钧正式册封宫女王氏为恭妃，于同年八月生子，是为长子，取名朱常洛。但朱翊钧并不喜欢王氏，也不喜欢她生的长子朱常洛。

后宫众多嫔妃中，万历帝独对郑氏尤为宠爱，万历十二年（1584年，晋封郑氏为贵妃，郑氏产下皇二子朱常溆，可惜早夭。

万历十四年（1586年正月初五，郑氏又生下皇三子朱常洵。朱翊钧万分高兴，随即晋封郑氏为皇贵妃，郑氏依宠借机乞求万历帝立朱常洵为太子，自己做皇后。朱翊钧满口答应，还在道观立下誓言。

万历帝专宠郑皇贵妃，迟迟不立太子。朝中大臣纷纷猜疑，担心郑氏谋立皇三子，损害大明果本，遂推申时行为首，联名上疏，请立皇长子朱常洛为皇储。万历帝对此置之不理。

通过这次上疏，申时行彻底明白了自己学生的心意，那就是立皇三子朱常洵为皇储。申时行既想讨好万历帝，赞同他废长立少，又怕此举得罪朝中百官。思来想去，申时行决定采取首鼠两端的策略，在皇帝面前赞同废长立少；在群臣面前，则装作恪守礼法，反对废长立少。

申时行这种游走于皇帝和朝臣之间打圆场、和稀泥，互不得罪的做法，反而让两边的矛盾愈加激烈。