都督同知孙承宗则坐镇西安府，继续训练六万多新军，逐步从退居二线面临被裁撤的边军中挑选可用人员补充，最终将新军扩充到十万，做为陆军的预备役。

从具体领军人员安排上，皇帝还是充分考虑了北方几个军武世家的利益，主官基本都是由其后代充任，再辅以经验丰富的参谋人员，大大消除了在军制改革时可能会遇到的阻力。

与陆军的高级指挥人员任命瞻前顾后相比，结构很单纯且专业性非常强的海军改革就显得比较简单了。

从景阳八年（1612）开始，海军采用南洋柚木和梢木建造的秦级战舰在大沽口和松江造船厂同时开建，以每年3-6艘的速度不断下水。

至今为止已经全体替换了之前的松木战舰，总数达到了32艘。同时两座造船厂还建造了50余艘2000料的武装货船，分别交付海军和海运衙门使用，被皇帝赐名为广州级。

这种船的用料比秦级薄一半儿，长29米，宽9米，满载排水量650吨，最大载重量300吨。三桅，仍旧采用了更全面的混合帆型，甲板两侧可安装各5门2寸后装式铸铁舰炮，船尾可安装2门3寸前装炮。

虽然牺牲了部分航速、灵活性和大部分攻击防御能力，却换来了更大的货舱和载重量，比较适合在大明沿海以及日本、南洋群岛之间做中短途航行。