但是京师大学还是要收学费的，这也开了官方收费教育的先河。明朝的读书人进入秀才阶段，分为贡生、廪生和增生，贡生进国子监，没有学费一说，还有粮米补贴；廪生和增生进州学和县学，也不收学费，廪生照样有禄米可拿，对家用不无小补。

但以现在的国力，无法支撑免除学费的现代教育体系。因此，万历十年才颁布的《普及教育诏》中规定，凡适龄儿童，各地政府要普及三年扫盲教育——认识两千简体字、掌握基本通识和四则运算，此为幼学教育，此段教育学费全免。

幼学教育之后，小学、中学乃至各省正在建设的大学，都收学杂费，以补地方财政的不足。由县学、州学改革而成的小学、中学，师资力量急剧增加，场所扩增数十倍，多数地方负担不起。

为了给予贫困生上进之路，《普及教育诏》中规定，凡助学慈善之家，地方官可按朝廷给予的名额予以表彰，授太平绅士等衔，有建牌坊、加高门第等礼遇，赐见官不跪等特权。

同时，《普及教育诏》还鼓励各地乡绅自主办学，只要使用朝廷统一规定的教学大纲和教材，均可自办学校。私立幼学生只要满足八成以上比例通过扫盲考试，自主办学的乡绅即可获得相应政治待遇。

对于小学以上的私立学校，朝廷采取的是不鼓励，也不禁止的政策，凭民自主。

为了顺利对接科举制度，《普及教育诏》明确划分了普及教育与科举之间的界限。毕业证与功名无关，任何一个学生读了书，要想获得朝廷的退税待遇和其他政治待遇，还需要参加科举。想当官，照样要考科举。

不过，和《普及教育诏》一起颁发的《科举考试管理条令》附件中，划定了万历二十年以后的各级科举考试大纲——万历二十年以后要想获得功名，不接受新式教育基本不可能。万历十年到万历二十年之间的科举考试，所有考生都要加试《通识直指》——只有填空题，且考试内容绝不超纲。