此时，曹操认为董卓焚烧宫室，劫迁天子，海内震动，应当趁机与之决战，遂独自引军西进。

曹操行至荥阳汴水，与董卓大将徐荣交锋，不敌，大败，士卒死伤大半，自己也被流矢所伤，幸得堂弟曹洪所救，因此幸免于难。

回到酸枣后，曹操建议诸军各据要地，再分兵西入武关，围困董卓，关东诸将不肯从。

关东诸军名为讨董，实则各怀鬼胎，意在伺机发展自己势力。

不久，诸军之间发生摩擦，相互火拼，联军至此解散。

初平二年（191年，曹操在东郡大败于毒、白绕、眭固、于扶罗等。

于是，袁绍表其为东郡太守。

初平三年（192年，青州黄巾军大获发展，连破青州、兖州治下的郡县，阵斩兖州刺史刘岱。

济北相鲍信等人便迎曹操出任兖州牧，曹操和鲍信联军进攻黄巾，鲍信战死。曹操设下埋伏，昼夜会战，终于将黄巾击败。

当年冬天，曹操获得降卒三十余万，人口百余万。曹操收其精锐，组成军队，号“青州兵”。

随后，曹操又帮助袁绍，打败公孙瓒部将单经，以及陶谦诸军。

自此，曹操崛起于中原，成为了一方实力派诸侯。不仅获得了兖州作为地盘，还拥有了一支强大的军队。

期间，曹操又提拔于禁、乐进、典韦、许褚等人于行伍，又得到了诸如程昱、戏忠等名士的效力。