东晋的统治区随着其疆域的变化而有增减，由于外族入侵与晋军北伐，北疆时常变动。

蜀地先后出现成汉、谯蜀等国，东南疆域则大致固定。

晋元帝时期，石勒入侵，北疆只剩淮南江陵一带。

成汉占据四川，于347年被桓温灭。

桓温发动三次北伐，一度收复山东及河南地区，后败于前燕而止。

前秦屡次入侵东晋领土，此时东晋仅剩扬、荆、江、广、交、豫、徐、兖、益、宁七州，及兖、青、冀、司、幽、并、益等侨州，共十五州。

383年淝水之战，前秦惨败。

隔年，谢玄北伐，成功收复黄河、秦岭以南地区。

之后，东晋内乱，桓玄篡位，谯蜀独立，疆域逐渐萎缩。

刘裕崛起后，攻灭谯蜀并发动两次北伐，收复蜀地、青兖、司豫及关中地区。

然而刘裕因故返京，将领内乱，夏人入侵，导致关中得而复失。

此时，东晋领有扬、北徐、豫、江、北青、司、荆、北雍、东益、宁、交、广、北并、北冀、梁、徐、北兖等十七州，及幽、冀、东秦、青、并、兖、秦、雍等侨州，共二十五州。

东晋的统治区袭承西晋，虽然也是实行州、郡、县三级制，但是其州郡越分越多，从而导致辖区缩小。

西晋末年，大量流民南渡。

东晋朝廷为了安抚侨民及侨姓世族，以原籍州郡县名寄治别处，而无实地，此即侨州郡县。

等到安定后实施土断，使其州郡领有实地，户籍和赋役与一般州郡县相同。

东晋沿袭西晋军事制度，但已有变化。

军事上，因为皇权衰微，中军往往有名无实，同驻京师的还有扬州都督所属军队。

外军大多由世族的军队组成，统军将领称霸一方，其中荆州军甚至超越中央。

东晋多次北伐，确有助于巩固偏安之局，但如果方镇具有野心，往往藉此篡位。

关于兵源方面，因为战乱军户大减，兵员改以募兵补充，或直接征兵。