王敦因而占据石头城。

于是，司马睿命刘隗、戴渊、刁协、王导、周顗、郭逸和虞潭等率军进攻石头城，但都被王敦军打败。

太子—司马绍知道诸军兵败后，打算亲率将士决一死战，但被太子中庶子—温峤谏止。

王敦在石头城中拥兵，不入宫朝见司马睿，更放纵士卒四处抢掠。

当地大乱，官员都逃走，只余下安东将军—刘超率众与两名侍中侍奉司马睿。

司马睿只好脱下戎服，派使者向王敦求和。

同时，兵败的刁协和刘隗回宫见司马睿，司马睿流着泪劝二人快点逃走避祸，更给予二人人马让他们逃走。

但刁协因年老而不能骑马，亦对人无恩情，元帝召募刁协随从时竟然全都推辞。

刁协行到江乘时被杀，首级被送到王敦那里；刘隗则领家属北逃至后赵。

不久，在吴兴响应王敦的沈充攻破吴国，杀害吴国内史—张茂。

之后，司马睿命令百宫到石头城见王敦，然后任命王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧、封武昌郡公。

王敦假意辞让，知道攻破建康，王敦责备说：“不听我的话，几乎灭族。“

王导仍然不理睬，王敦没办法。

王敦见太子为人勇敢，而且有谋略，朝野中人都支持他。

于是，王敦打算以不孝为名废了他，以免日后阻碍自己专政。

但遭到温峤的大力反对，其他人亦同意温峤，因此王敦无法得逞。

但王敦却因为周顗和戴渊二人有很高的名声和才能，从而十分忌惮，所以将二人杀害。

王敦亦更置百官及军镇，影响数百人，但决策朝令夕改，只是随心而作。

不久，王敦即回到武昌，并遥控朝政，后又自行加领宁、益二州都督。

甘卓知道王敦得胜并杀害周顗等人后，又得到王敦命台城所发的驺虞幡，声言害怕他攻击武昌会逼王敦劫持皇帝。

于是，决心撤回襄阳。

都尉—秦康和乐道融劝甘卓分兵截断彭泽湖口，断绝王敦在武昌和建康两批军队的接触支援，让王敦士众自动离散。