当时，太尉许戫、司空张济看着宦官的脸色行事，收取贿赂。

宦官子弟宾客，贪污卑鄙，许戫与张济不敢过问，却虚报纠举二十六个处于边远小郡清廉惠政的人。

官吏和百姓到京师申诉，陈耽和曹操上书：“公卿的检举，大都包庇各自的私党，是所谓‘放鸱枭而囚鸾凤’。”

其言忠切，汉灵帝因此责备许戫和张济，并将因谣言而被问罪的官员全部拜为议郎。

而后，东汉朝政日益腐败，曹操知道无法匡正，便不再进言。

中平元年（184年），黄巾起义爆发，曹操被拜为骑都尉，受命与左中郎将皇甫嵩等人合军进攻颍川的黄巾军。

右中郎将朱儁先到，与黄巾军波才部作战，失败，皇甫嵩退守长社。

面对波才的围困，趁夜纵火出击，使黄巾军惊乱后撤。

此时，曹操率军赶来，联合皇甫嵩、朱儁大破黄巾军，斩首数万级。

不久后，曹操调任济南国国相，在任内治事如初。

济南国有县十余个，各县长吏多依附贵势，贪赃枉法，无所顾忌，曹操之前历任国相皆置之不问。

曹操到职，大力整饬，一下奏免十分之八的长吏，济南震动，贪官污吏纷纷逃窜。

“政教大行，一郡清平”，而当时正是东汉政治极度黑暗之时。

朝廷征还曹操为东郡太守，拜为议郎。

曹操不肯迎合权贵，遂托病回归乡里，春夏读书，秋冬弋猎，暂时隐居了。

当时天下纷乱，发生了冀州刺史王芬联合南阳许攸、沛国周旌等地方豪强，谋划废黜灵帝立合肥侯的事件。

王芬等人曾希望曹操加入他们，但被曹操拒绝。