两军在奈良附近反复交战，但是谁也奈何不了谁。

九月，畠山政赖、根来寺给多闻山城派来了援军，三好义继、松永久秀随后于十月十日夜袭三好三人众方布阵的东大寺大佛殿，击败了三好三人众。

然而，这一次战争最有名的还是烧毁了东大寺大佛。

永禄十一年（1568年正月，朝廷正式决定让足利义荣出任次任征夷大将军。

虽然足利义荣在二月六日给朝廷献上的“将军宣下费用”中夹杂了不少悪钱，不过朝廷还是在二月八日下达了旨意，足利义荣则在二月十三日于摄津国富田接受了宣旨，正式出任征夷大将军之职。

就任幕府将军之后，足利义荣给近幾势力极尽拉拢之能事，当然也没有忘了我少弐家。

他一方面宣布足立义辉给的西国自由切取之权无效外，同时向佐嘉城派来了使者，表示愿意让我少弐家更进一步，只要我少弐家支持他足立义荣，那么他愿意表我少弐义兴担任太宰大弍之官位。

我可是知道马上足利义辉马上就要上洛了，怎么可能答应他的条件。

另外一方面，得知足利义荣动向的足利义昭坐不住了，他多次向越前国的朝仓家派出使者，希望调解朝仓家与加贺国一向一揆的纠纷，然后派遣军势上洛。

遭到朝仓家拒绝以后，足利义昭于十一月二十一日亲自前往一乘谷的朝仓馆劝说。

足利义荣正式出任征夷大将军后，足利义昭与朝仓义景一同在三月六日给上杉谦信派去使者，希望调解上杉谦信、武田信玄、北条氏康之间的战争，以便更好地支援近幾。

足利义昭还给吉川元春去信，希望吉川元春能够说服毛利元就出兵上洛。

同样的，也给我数次来信希望能够我派出军势出兵上洛，这属实有些病急乱投医了，我少弐远在九州，怎么可能出兵上洛。