将土蛮汗赶到西边，东北总督府携大胜之威，对鞑靼各部进行了全面改造。

改造分为正治与经济两方面。

正治方面，即严格推行“盟旗”制。这里拿科尔沁部为例，其所属四部被分左右两翼盟，又被细分为十旗。

右翼盟长为长博第达喇，左翼盟长为其弟次诺扪达喇，另各设有副盟长一名，于科尔沁部具有威望之人中挑选。所有盟长与副盟长，都需呈递文书交由总督府报批，得到任命后，总督府会颁发印信，盟长与副盟长的任期为终身制，但不得世袭。另外，总督府还“贴心”的设立了帮办盟务的官/员一至二名（由宋洲军官担任，协同盟长和副盟长管理盟务。

科尔沁右翼五旗分别是图什业图、扎萨克图、哲里木、杜尔伯特、木塔里山。左翼五旗分别是达尔罕、宾图、博格、卡拉木、郭尔罗斯。

总督府尊重科尔沁部内部的意见，由长博第达喇的长子齐齐克任图什业图总管，次子纳穆赛任哲里木总管，三子乌巴什任郭尔罗斯总管，六子爱纳噶任杜尔伯特总管，七子阿敏任木塔里山总管；次诺扪达喇的长子哲格尔德任扎萨克图总管，剩下四旗有其他各部首领子嗣担任。旗总管之职可以世袭，但若违抗总督府的命令，总督府有权废黜。

旗下最基层组织是“组”，含十丁，凡18岁以上6岁以下适龄男子编为旗丁，即被纳入名册，每三个旗丁，总督府会发给一套武器盔甲，如遇征战调遣，两旗丁参加调遣，一旗丁留在家中负责承担旗丁的家庭责任。每1旗丁编为1班，设班长；3个班编为1营，设营长；以此类推，每5个营设1团，每5个团设1师，总督府另调参谋辅助。

达延汗时期将手下的六大万户分给了自己的子孙，他的子孙又将万户往下分，到孙辈这一代人便到了分无可分的境地。比如老熟人俺答汗，他在家中排行老二，其父巴尔斯博罗特死后，部落由兄长衮必里克继承，俺答汗年轻时就为了拥有自己的部落而多次拼命搏杀，后来还真让他找到机会，撬了檬古勒津部的墙角，建立了土默特部。