见仇鸾是这般表现，朱厚熜对其能力产生了怀疑。最后召还仇鸾，禁止他调动边境的兵马，并下诏收回了他的印信，派大将陈桧取代。

仇鸾感到不安，乞求将自己罢免，但不被朱厚熜允许。

徐阶秘密上书，揭发仇鸾通敌误国的罪状。朱厚熜大惊，命令锦衣卫陆炳暗中查探。很快查到了当初带着金银前去贿赂俺答汗的两名心腹仆人。

此时，仇鸾于忧惧之中，背上生疮而死。

恼羞成怒的朱厚熜下旨剖开仇鸾的棺材，砍下他的头传示边境九镇。仇鸾的父母、妻子、儿子和两名心腹仆人时义、侯荣都被斩首，妾、女儿、孙子分发给功臣家里做奴婢，并查抄财产、没入国库，家属流放，党羽都各自获罪发配。

仇鸾死后，九镇战事越来越严峻。边关大将总兵、副总兵常有战死，军卒死伤更无从计数。军费每年增加，仅京师及长城各塞就需四五百万两银子，财政空虚，岁入不能充岁出之半。

现在，宋洲的一把火又烧到了东南，这可是明朝精华之所在，牵系运河，东南的战火让本就不富裕的明朝财政，更加雪上加霜。

见形势危急如此，自东南传来军情之刻起，朝中就有官员建议暂时与俺答议和，先稳住东南，再做他想。

这段时间，终夜绕床，不能安寝的朱厚熜多次与几位大臣磋商，正寻求着解决之策。