正治上，印加将使用统一的组织和管理模式，不在区分核心统治区与非核心统治区，这会改变以往核心统治区由来自库斯科派遣官员直接管理，而非核心统治区，则由地方贵族自管的情况。同时，取消早已走样的“礼品交换”传统，允许职业商人存在，确立白银为货币；全果的土地与财物名义上属印加，印加赏赐给个人，即为个人所有，任何人不得抢夺侵占……

军事上，编炼新式军队，即增加刀盾兵、火器兵、骑兵等兵种，军队最高统帅是印加；新式军队分为禁军与地方军，地方军主要负责地方维，禁军负责机动作战……

文化上，所有祭司与官员必须学习掌握印加绳结文字，用绳结文字编写历法、律制；最高祭司为印加，印加可以指派一位德高望重者代替自己主持祭祀活动；废除活人祭祀，以牲畜取代……

经济上，鼓励手工业者参入交易贸易；完善农业灌溉系统，鼓励百姓开垦，明确土地所有……

南印加的这场改革虽谈不上彻底，比如并没有废除奴隶的存在，但给了奴隶摆脱身份的途经，触及到了生c关系的改变，仍具有积极的意义。

改革措施推行下来，南印加顿时陷入到动荡，查尔库奇马再一次充当救火队员，四处扑火。

到西元1549年年底，动荡才大致结束，大批反对改革的贵族被贬为奴隶，丢进了波托西银矿。

银矿开采恢复后，阿帕蒂从宋洲大规模引入了耕牛、耕犁等农业工具，以及小麦，大麦等农作物，将其借贷给百姓，使得南印加粮食生产迅速恢复，为之后的北伐打下了物资基础。