库斯科城兴建于11世纪印加国初期，由当时的印加王曼科卡巴克主持修建。

整座城市位于安第斯山脉海拔341米的东安第斯山脉丰饶山谷中，当地气候宜人，崇山峻岭和葱郁的林木围绕在城市四周。

由于印加国的社会组织非常注重等级，这种观念进而影响了城市的设计布局。处于城市中央是一座广场，广场东北是建在高耸的金字塔顶的太阳庙、月亮神庙和星神庙，东南则是左右对峙的蛇神殿和太阳女神大厦神殿。

印加王的王宫位于库斯科城的最高处，除此外，印加王还在库斯科城附近修建了数个行宫。如后世有名的萨克萨瓦曼圆形古堡便是行宫之一，这座古堡由印加王帕查库特克·尤潘基（约1438-1471年于15世纪7年代动工修建，持续了5多年，直到西班牙殖民者入侵之前还没完全竣工。

库斯科城伴随着印加国的兴盛而兴盛，同样也随着印加国的消亡而消亡。

西元1533年皮萨罗率领西班牙殖民者入侵库斯科，将整座城市财宝文物洗劫一空，后又经几次地震和二百多年的拉锯战，城市受到严重破坏。

后世库斯科虽有印加帝国时代街道、宫殿、庙宇和房屋建筑保留，但是大部分建筑都是西班牙殖民时期修建，成了西班牙—印加的混合建筑。

佛朗西斯科·皮萨罗（也译法兰西斯克·皮泽洛于1535年在沿海地带新建了王者之城——利马，殖民者的统治中心随着转移。波托西银矿发现后，利马的出海口地位显得愈发重要，库斯科则随着利马的兴起而衰落。

狄龙一行人在九月下旬抵达了库斯科——这座用巨大石头装饰外部的城市，生活着近二十万人，在本时空绝对是一座大城。城市里有大批从事制陶、纺织、金属加工等行业的手工业者。

库斯科外围修有发达的农业灌溉系统，梯田中种植着一种名为藜麦的主粮，另外玉米、土豆等美洲作物也有广泛种植，据说土豆的原生地就在秘鲁山区。