1364年，张无忌认为自己已经准备充分，在八月十五中秋节的时候，发布《谕中原檄》，宣布将消灭元朝，但是如果蒙古人肯投降，他会如同汉人一样平等对待。

九月，明教的军队兵分三路出发北上。张无忌亲自率领十万大军，沿着大运河北上，一路攻克徐州、山东，直抵大都。左路由杨逍统帅，常遇春担任先锋，相继攻克河南、山西，围堵元朝西逃之路。右路则有元朝降将、蒙古人王保保统帅水军北上，在辽东半岛登陆，从北面包围大都，阻止元朝皇帝逃回蒙古。

十二月，张无忌攻克大都。元朝皇帝无路可退，绝望地在皇宫自焚身亡。熊熊的大火引燃了整个大都，燃烧了三天，整个大都如同火狱一般。大火熄灭以后，天空下了一场黑色的大雨，预示着一个时代的终结。

张无忌在大都的废墟上，正式称帝，国号大明。这个新朝代的国号，一眼就可以看出是从明教而来，但是为了笼络非明教徒，张无忌对外宣传，“大明”来自一本中国古典书籍《易经》。因为元朝的国号“大元”也来自《易经》中的一句话“大哉乾元”。但是后面有一句是“大明始终”，意味着大明终将成为永远的王朝，或者说，最后的王朝[全文为：《彖》曰:大哉乾元，万物资始，乃统天。云行雨施，品物流形。大明始终，六位时成，时乘六龙以御天。乾道变化，各正性命，保合大和，乃利贞。首出庶物，万国咸宁。]。

张无忌无意在破坏殆尽的大都建立首都，他返回了应天，进行了一系列新王朝建立的章程。他宣布年代的称号改为洪武，意思是洪水一般的勇武，并会在第二年的第一天正式启用。同时，张无忌宣布周芷若成为了他的皇后，他和周芷若的儿子张标，则成为了他的正式继承人。赵敏也获得了相当的地位，被封为皇贵妃，仅次于皇后的后宫之主。

张无忌创建的新王朝，开创了无数历史。

明朝，是中国历史上第一个由门派创建的朝代，迎来了门派的巅峰时代。

而明教的宗教属性，也意味着明朝是中国历史上第一个宗教朝代。

张无忌以平民的身份登基成为皇帝，是近两千年以来的第二位，是近一千年以来的第一位。而他以明教教主的身份登基，更是中国几千年历史以来的第一位。

当张无忌消灭元朝，登基称帝建立明朝之后，他基本上控制了传统的中国统治区域，逃窜的元朝残余势力不足为患。于是张无忌决定暂停向外扩张的步伐，首先整顿内部，构建属于明朝的权力体系，以维持朝代的延续。